Jirou Azuma, seorang remaja berusia tujuh belas tahun, menjalani kehidupan yang tenang bersama kakeknya, memanfaatkan kemampuan supranaturalnya untuk berkomunikasi dengan hewan untuk berteman dan melindungi mereka. Baik Jirou maupun kakeknya merupakan keturunan klan shinobi yang telah ada sejak lama, yang berlatih bela diri untuk melestarikan seni bertarung dalam keluarga mereka. Kehidupan Jirou berubah drastis setelah ia menyelamatkan seekor kucing hitam yang tampak biasa, Ragou, hanya untuk mengetahui bahwa kucing itu sebenarnya adalah mononoke—roh jahat yang telah lama berperang melawan umat manusia. Ketika seorang mononoke yang bermusuhan datang mencari Ragou, Jirou menggunakan pelatihan shinobi-nya untuk melindungi kucing itu, namun langsung menderita luka fatal.

Dihadapkan pada pilihan apakah akan menelan energi Jirou yang semakin menipis dan memulihkan kekuatannya sepenuhnya, Ragou justru memilih untuk memberikan sisa energinya kepada Jirou. Selain menghidupkan kembali bocah itu, transfer energi tersebut juga memberinya kekuatan gaib yang luar biasa yang melengkapi gaya bertarung shinobi-nya. Tindakan ini disaksikan oleh Ryousuke Shiba, seorang perwira di Biro Intelijen yang tugasnya berfokus pada penumpasan mononoke agresif. Shiba mengajukan tawaran kepada Jirou dan kakeknya: untuk bergabung dengan regu baru Biro, Black Torch, dan membantu mereka melawan mononoke kuat yang berusaha melahap orang-orang tak bersalah.